c'est pas grave si les joints dépassent.
Pour ajuster la grosseure: Display - joint size - xx%
Si tu dis que ton skin s'applique que sur ton root, c'est que dans ta fenêtre d'option du skin, tu as "selected joint" comme option au lieu de "complete skeleton". Autrement dit, il skin tes polygones seulements sur le joint sélectionné, et non sur sa hierarchie.